На базе Чойского аймлесхоза и лесов Глав лесоохраны лесхоз сектора Кебезенского леспромхоза приказом Мин лесхоза СССР N235 от 07.05.47 г. в октябре 1947 г. был организован Чойский лесхоз с общей площадью 187,5 тыс.га.
В 1960 г. Чойский лесхоз в составе четырех лесничеств - Паспаульского, Ишинского, Саракокшинского и Каракокшинского был преобразован в Каракокшинский леспромхоз.В состав Каракокшинского леспромхоза спустя четыре года в 1964 г. была принята часть территории Горно-Алтайского опытного лесокомбината площадью 145,4 тыс. га (Октюрюкское лесничество) и передано 42 тыс. га Турочакскому леспромхозу (части территории Ишинского и Саракокшинского лесничеств).
Каракокшинский леспромхоз был одним из старейших лесодобывающих предприятий Горного Алтая. В годы реформ он прекратил свое существование. Директорами леспромхоза в разное время работали: Дуплин Николай Егорович (1952-1960),  Шпилев Владимир Николаевич (1969-1973),  Семенов Михаил Иванович (1977-1981),  Шмырин Юрий Савельевич (1981-1987),  Новоселов Николай Алексеевич (1991-1993), Пастухов Иван Иванович (1993-2000), Гигель Татьяна Анатольевна (2000-2006).
Позже в 1991 году леспромхоз был вновь образован  Чойский лесхоз уже за счет выделения отдела лесного хозяйства из Каракокшинского леспромхоза и соединения с ним Чойского межсовхозного лесхоза (120,5 тыс. га), организованного в 1981 г. (решение Горно-Ал┐тайского облисполкома от 09.11.81 г. N 35.На период образования  общая площадь лесхоза  составляла - 423678 га, в том числе 317403 га  были покрыты лесом. В состав лесхоза вошли четыре лесничества: Уйменское, Каракокшинское, Саракокшинское и Паспаульское. Чойский лесхоз был одним из самых интенсивных по лесохозяйственной деятельности лесхозов Республики Алтай.
Серьезные изменения произошли в декабре 2007 года,  когда на базе  Чойского лесхоза были образованы  Каракокшинский филиал автономного учреждения Республики Алтай "Горно-Алтай лес" и государственное учреждение Республики Алтай "Чойское лесничество". Руководство сменилось, Гигель Юрий Иванович возглавил автономное учреждение Республики Алтай "Горно-Алтай лес", руководителем (лесничим) ГУ РА "Чойское лесничество" был назначен Чепконаков Анатолий Николаевич.
После того, как было произведено  разделение лесхоза,  для АУРА "Горно-Алтай  лес" основной вид деятельности (лесохозяйственный) не изменился.  Исключены были только два вида деятельности - это лесозаготовки и сбор дикорастущих лекарственных растений.  На ГУ РА "Чойское лесничество" были возложены функции контроля. Причем одно лесничество - Уйменское упразднили, а остальные лесничества Паспаульское, Чойское, Саракокшинское стали называться участковыми лесничествами.
Очередная  реорганизация  произошла в  2009году, после которого автономное учреждение Республики Алтай  "Горно-Алтай лес" было переименовано в  автономное учреждение Республики Алтай "Каракокша лес". Основные направления деятельности АУРА "Каракокша лес": охрана, защита лесов и лесовосстановительные работы. Возглавляет учреждение с момента образования и по сегодняшний день - Гигель Юрий Иванович.
За свою более чем 60-летнюю историю предприятие не раз меняло название. Но прежним оставалось одно - бережное отношение к лесному фонду.