Если смотреть на карту Республики Алтай, то границы Чойского района с трех сторон охраняют горные хребты: на востоке - Сумультинский, с юга - Иолго, с запада Сугульский и только северная граница прошла по водоразделу двух рек - Бии и Иши. На этой  земле многочисленные реки, плодородные поля, клюквенные болота. Есть и высокие горы покрытые шапками вечных снегов. Отметки их  достигают почти трех тысяч метров. Красота и богатое разнообразие природы Чойского района вызывает невольное восхищение всех, кто посещал эти удивительные места.
Но главное богатство района - это леса: многовековые кедровники и смешанные, с  густым подлеском рябины и черемухи. Словно зеленые ожерелья опоясывают они горные хребты, украшают долины рек, поднимаются по крутым склонам каменных великанов.  Леса смягчают и регулируют климат, защищают почву от эрозии, дают приют зверю и птице.  Огромное экологическое, экономическое и социальное значение имеют леса для жителей Чойского района. Это богатая природная кладовая, где можно не только заготавливать древесину, но и развивать мараловодческие хозяйства, собирать орех, ягоды, грибы и целебные лекарственные травы, пасти скот и заготавливать сено.
Леса занимают свыше 90% площади Чойского района. Немногим меньше 10% занято высокогорной растительностью. В лесном поясе примерно одинаковые площади занимает черневая тайга (46%) и леса горнотаежного подпояса (45%). Черневая тайга господствует в бассейне левых притоков Саракокши, а также в нижних частях северо-восточных склонов хребта Иолго (450-800 м). В нижней полосе черневой тайги преобладают  осиново-пихтовые, в верхней - кедрово-пихтовые  высокотравные леса. В долинах рек Учек, Кузя, Каракокша, Уймень (приток Саракокши) в древостоях черневой тайги преобладают пихта и кедр, отмечается постоянное присутствие осины.
Флора Чойского района богата пищевыми, лекарственными, декоративными растениями, среди которых: багульник болотный;бадан толстолистный; володушка золотистая; земляника лесная; кровохлебка лекарственная; пион уклоняющийся; родиоларозовая; рябина сибирская;  синюха голубая; смородина черная; хвощ полевой; черемуха уединенная;  шиповник; жимолость алтайская.Исключительно большое значение имеют кедровые леса - это самая богатая в лесах пищевая база, ведь именно кедр является единственной орехоносной породой в Сибири. Кедр по праву считается украшением и гордостью тайги. Красивые и могучие деревья-великаны обладают поистине неиссякаемой энергией добра и любви. Испокон веков алтайцы ценили кедр, называлиего защитником, кормильцем и целителем. И сегодня сбор кедровых орехов является важным таежным промыслом. С кедром тесно связана жизнь многих обитателей алтайской тайги.  Не случайно праздник кедра  - Тюрюк Байрам, является знаковым и символичным для коренных народов Горного Алтая.  Этот праздник - дань уважения природе, поклонения кедру, который оберегает и кормит народ.