Лесной кодекс Российской Федерации устанавливает, что леса подлежат охране от пожаров. Охрана лесов осуществляется с учетом их биоэкологических особенностей и включает комплекс организационных, правовых и других мер, направленных  на сохранение лесного фонда. Плановые задания по охране и защите леса АУ РА  "Каракокша лес"  включают в себя следующие мероприятия:
- противопожарная пропаганда;
- содержание ПХС, ПСПИ;
- устройство минерализованных полос и уход за ними;
- строительство дорог противопожарного назначения и их содержание;
- строительство вертолетных площадок;
- пропаганда лесозащиты;
- организация уголков лесозащиты;
- лесопатологическое обследование;
- защита питомников химикатами;
- почвенные раскопки;
- устройство мест отдыха.
Исходя из основных задач охраны лесов, первой и важнейшей задачей является лесопожарная профилактика, которая предусматривает проведение комплекса мероприятий, направленных на предупреждение возникновения лесных пожаров, ограничение их распространения и создание условий для обеспечения успешной борьбы с ними.
В качестве подготовки к пожароопасному сезону предприятием АУ РА  "Каракокша лес"  проводится весь комплекс обязательных подготовительных и профилактических мероприятий.
- создание систем, средств предупреждения и тушения лесных пожаров (пожарная техника и оборудование, пожарное снаряжение и др.);
- содержание этих систем, средств, а также формирование запасов горюче-смазочных материалов на период высокой   пожарной опасности;
- мониторинг пожарной опасности в лесах;
- привлечение граждан, юр.лиц для тушения лесных пожаров.
Подготавливаются оперативно мобилизационные планы тушения лесных пожаров на случай чрезвычайных ситуаций. Регулярно проводится обучение технике и тактике тушения лесных пожаров, на базе Бийского лесного техникума проводится обучение  руководителей тушения крупных лесных пожаров.
Очень часто неосторожное обращение с огнем в лесу происходит от недооценки роли леса в жизни человека, непонимания  гибельного действия лесных пожаров. Поэтому широкое проведение противопожарной разъяснительной работы - одно из условий, обеспечивающих предупреждение лесных пожаров. Эта работа проводится предприятием не от случая к случаю, а постоянно, чтобы основные правила противопожарной безопасности были ясны для каждого посетителя леса, а их неуклонное выполнение явилось необходимостью. Главная задача - организация противопожарной пропаганды населения, в том числе проведение лекций, бесед и выступлений, размещение листовок, плакатов, а также статей в СМИ.  В целях противопожарной пропаганды вдоль основных дорог и населенных пунктов установлена наглядная  агитация в виде аншлагов с призывами охранять природу и беречь лес от пожаров.
Не менее важным вопросом является и подготовка добровольных пожарных дружин к пожароопасному сезону. В настоящее время на предприятии созданы три ДПД,  в составе которых задействован 31 человек.  С членами ДПД проводятся занятия по теме  "Техника и тактика тушения лесных пожаров и соблюдения правил безопасности при тушении пожаров".
Только благодаря оперативным действиям работников предприятия "Каракокша лес" и подразделений Главного управления МЧС России по Республике Алтай удается своевременно ликвидировать возникающие лесные пожары не допуская  их распространения на значительной территории.
Защита лесов направлена на выявление в лесах вредных организмов (растений, животных,
болезнетворных организмов, способных при определенных условиях нанести вред лесам или лесным ресурсам) и предупреждение их распространения, а в случае возникновения очагов вредных организмов, отнесенных к карантинным объектам, - на их локализацию и ликвидацию. В целях обеспечения санитарной безопасности в лесах осуществляются лесопатологические обследования и лесопатологический мониторинг; санитарно-оздоровительные мероприятия (вырубка погибших и поврежденных лесных насаждений, очистка лесов от захламления, загрязнения и иного негативного воздействия)